Il percorso naturalistico di snoda attraverso la seguente offerta culturale:
1) La storia naturale della Sicilia attraverso i suoi fossili (paleontologia sicula). Sviluppato cronologicamente dal Permiano ai nostri giorni, il percorso tende a mostrare al visitatore la biodiversità che nei millenni ha caratterizzato gli ambienti naturali della Sicilia. I numerosi fossili esposti mostrano il succedersi delle grandi trasformazioni del pianeta.
2) Biodiversità. Due vetrine sono dedicate alla variabilità delle specie animali. Una, illustra alcune specie endemiche siciliane, ovvero specie animali esclusive della Sicilia. L’altra è dedicata all’illustrazione della diversità di forme e colori nelle conchiglie.
3) Il paesaggio naturale della Sicilia. In due grandi serie di diorami vengono presentate le principali specie della fauna e della flora che vivono nei Parchi e Riserve naturali siciliane, tutte aree protette che il Piano Regionale Paesaggistico della Sicilia individua come componenti fondamentali per uno sviluppo sostenibile.
4) Suoni notturni nel bosco di Ficuzza. Il visitatore potrà ascoltare i canti e i versi degli animali che vivono all’interno di una ricostruzione, parziale e notturna, del bosco di Ficuzza.
5) L’avifauna siciliana. Il percorso museale mette in mostra esemplari naturalizzati rappresentanti alcune specie di uccelli che è possibile osservare in Sicilia, alcune delle quali di elevato interesse ornitologico.